محسن حاجی‌میرزایی، وزیر پیشین آموزش‌وپرورش، هدف مدارس مسجدمحور را «عصیان در برابر نظام تعلیم و تربیت رسمی» خواند و گفت: «مدارس مسجد محور ایده‌‌ای خطرناک و به‌دنبال مشروعیت‌زدایی از نظام آموزش رسمی است و اندیشه‌های افراطی، محصول شکل‌گیری نوعی از همین مدارس است.»
