یوسف غفارزاده، مدیرعامل شرکت آب منطقه‌ای استان آذربایجان شرقی از تشکیل کمیسیون مشترک بین ایران و ارمنستان برای پیگیری موضوع آلودگی آب رودخانه ارس خبر داده است. به گفته او طی ۲۰ سال گذشته پیگیری‌های مستمری برای به صفر رساندن آلایندگی رود ارس شکل گرفته است.
فیروز قاسم‌زاده، سخنگوی صنعت آب کشور اردیبهشت سال ۱۴۰۲ گفته بود منشاء آلودگی رود ارس پساب معادن واقع در ارمنستان است. به گفته این مقام صنعت آب ایران، دادستانی و سازمان محیط زیست ارمنستان هم به موضوع آلودگی ارس ورود کردند.
خردادماه سال ۱۴۰۲، مهتاب جودکی و ستاره حجتی، دو روزنامه‌نگار ایرانی در پیگیری موضوع آلودگی آب رودخانه ارس، ۱۱ مطالعه که از سوی نهادهای رسمی و دانشگاهی کشور و طی سال‌های ۱۳۹۹ تا زمستان ۱۴۰۱ انجام شده را بررسی کرده‌اند.
از جمله یافته‌های گزارش روزنامه «پیام ما» این بود که دو نیروگاه «متسامور» یک و دو در کشور ارمنستان، سالانه ۲۸۸ تن «اورانیوم» مصرف می‌کنند و فاضلاب این نیروگاه‌ها بدون هیچ‌گونه تصفیه در جنوب ساداراک در موقعیت جغرافیایی عرض شمالی ۷۲۸.۳۹۳۷ و طول شرقی ۵۵۶.۴۴۴۸ وارد ارس می‌شود.
نتایج تحقیقات آنها نشان داد آب رودخانه ارس در محدوده ایران علاوه‌بر آلودگی به مواد پرتوزا (رادیو اکتیو)، به فلزات سنگین و سمی مانند سرب و ترکیباتش، آرسنیک، ترکیبات آلومینیوم، نیکل، مس، آهن، منگنز و ۵۳ آلاینده دیگر نیز آلوده است. منشاء اکثر این آلاینده‌ها نیز کشور ارمنستان است.
ورود فاضلاب تصفیه نشده نیروگاه‌های متسامور یک و دو ارمنستان به رودخانه ارس در پروژه‌های دیگری هم مورد اشاره قرار گرفته است. از جمله پژوهشی که از سوی گروه‌های جغرافیای سیاسی و روابط بین‌الملل دانشگاه خوارزمی، به بهانه تلفات یکباره و گسترده ماهیان در پایین‌دست خداآفرین منتشر شده است.
بر پایه پژوهش دانشگاه خوارزمی، ارمنستان مدت‌های طولانی است که از معادن مس واقع در حاشیه شمالی رودخانه ارس بهره‌برداری می‌کند و این اقدام‌ها باعث کاهش کیفیت آب این رودخانه مرزی شده است.
همچنین، تخلیه و انباشت پسماندها و باطله‌های معدنی مس در طول چندین دهه متمادی در طول رودخانه ارس از سوی ارمنستان و بعضا شکست برخی از این سدهای باطله معدنی، باعث انتشار آلاینده‌های زیادی در این رودخانه و کاهش کیفیت آب می‌شود.
با توجه به شیوع بالای سرطان در استان اردبیل بارها انگشت اتهام به سمت آلودگی رادیواکتیوی رودخانه ارس نشانه رفته است، موضوعی که البته از سوی مقام‌های جمهوری اسلامی همواره تکذیب شده است.
رود ارس از ارتفاعات هزار برکه در جنوب ارزروم، در کشور ترکیه سرچشمه می‌گیرد و از نزدیکی دوالو تا قره دونی در مرز ایران جریان دارد. طول این رودخانه نزدیک به ۱۰۷۲ کیلومتر است و با حرکت از غرب به شرق، از استان‌های اردبیل، آذربایجان‌غربی و آذربایجان شرقی می‌گذرد. عریض‌ترین نقطه رودخانه در نزدیکی شهر جلفا قرار دارد که در آن پهنای رود به بیش از ۲۰۰ متر و عمق آن به بیش از چهار متر می‌رسد.