در پی کشته شدن اسماعیل هنیه در تهران، مسعود پزشکیان در پیامی نوشت: «امروز ایران به سوگ شریک غم و شادی خود اسماعیل هنیه نشسته است. دیروز دست فاتح او را بالا بردم و امروز باید بر روی شانه‌هایم او را تشییع کنم.» او افزود: «جمهوری اسلامی از تمامیت ارضی خود دفاع خواهد کرد.»