علی خامنه‌ای در پیام تسلیت خود به مناسبت کشته شدن هنیه نوشت که اسرائیل «با این اقدام زمینه‌ مجازات سختی را برای خود فراهم ساخت و خونخواهی او را که در حریم جمهوری اسلامی ایران به شهادت رسید، وظیفه خود می‌دانیم».